Arrêts de travail : ce qui change réellement au 1er septembre 2026

Jusqu'à présent, rien n'encadrait vraiment la durée d'un premier arrêt de travail. Un médecin pouvait prescrire la durée qu'il jugeait nécessaire, sans plafond réglementaire. Un décret publié le 12 juin 2026 (décret n° 2026-498), pris en application de l'article 81 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026, change ça à partir du 1er septembre 2026.

Ce que dit précisément le décret

Concrètement, à compter du 1er septembre 2026 :

• Une première prescription d'arrêt de travail est plafonnée à 31 jours.
• Une prolongation est plafonnée à 62 jours.
• Ces plafonds concernent les médecins, mais aussi les chirurgiens-dentistes et les sages-femmes.
• Le motif de l'arrêt doit désormais figurer sur l'avis transmis à l'Assurance Maladie.

Le texte prévoit une soupape : le professionnel de santé peut dépasser ces plafonds s'il justifie, directement sur la prescription, que l'état de santé du patient le nécessite. Ce n'est donc pas une durée maximale absolue, mais un plafond par défaut, avec une dérogation qui doit être explicite.

Autre nouveauté : quand un arrêt cumule trois mois de prolongations, le prescripteur peut solliciter l'avis du service du contrôle médical de l'Assurance Maladie. L'objectif affiché du gouvernement est de contenir la hausse des dépenses d'indemnités journalières, en poussant à un réexamen plus régulier des arrêts longs.

Ce que ça change concrètement côté RH

Ce texte s'adresse d'abord aux prescripteurs, pas directement aux employeurs. Mais il change ce qu'une équipe RH doit savoir regarder sur un avis d'arrêt de travail reçu à partir de septembre 2026 : une prescription qui dépasse 31 jours d'emblée, ou une prolongation qui dépasse 62 jours, n'est plus la norme silencieuse qu'elle pouvait être avant. Ce n'est pas anormal en soi (la dérogation médicale existe), mais c'est désormais un signal à repérer, pas à laisser passer sans y prêter attention.

Le décret modifie aussi, dans les mêmes textes, la prescription des arrêts liés à une interruption volontaire de grossesse par voie médicamenteuse réalisée par une sage-femme : l'ancienne limite de 4 jours renouvelable une fois disparaît.

Une réforme parmi d'autres au 1er septembre

Cette date concentre plusieurs changements distincts pour les RH. La durée maximale d'indemnisation chômage après une rupture conventionnelle baisse également à partir du 1er septembre : c'est le sujet de notre article dédié. Deux réformes qui n'ont rien à voir l'une avec l'autre sur le fond, mais qui entrent en vigueur au même moment, et qu'une équipe RH doit intégrer en même temps.